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秋季，石榴树往往会萌发许多二、三次新梢，从而使树冠枝条密集，造成通风透光不良，引起果实增大慢、着色不良，也影响内膛叶丛枝和短枝形成花芽。因此，加强秋季修剪显得尤为重要。
1. 疏枝。剪除密生的、徒长的、有病虫的萌枝、萌蘖，修剪口及时涂抹愈伤防腐膜保护伤口组织愈合，防止病菌侵入，要求疏枝后树冠下的光斑均匀分布于地面上，以占全树冠投影面积的10％～15％为适合。保证果实直接见光，使内膛叶丛枝及短枝见光充足，形成花芽快。对剪下的病虫果枝采取深埋或焚烧。
2. 剪根。根据石榴树结果情况，逐年进行根系修剪。可在采果后及落叶前，结合秋扩穴翻施有机肥，在树冠外围挖环状或平行沟(深度50～100厘米)，切断部分小于1厘米直径的根，及时用护树将军灌根，减少病菌源，有利于根系再生和扩大，同时在全园喷施护树将军杀菌消毒，减少病菌源。
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